История Эколого-биологического центра началась еще в  далеком 1972 году. Тогда впервые мальчишки и девчонки - юные любители природы собрались вместе на открывшуюся  станцию юных натуралистов, которая расположилась всего  в двух комнатах здания вечерней школы №9 по проспекту Циолковского. Первым директором стала Лидия Ивановна Полянская.  

         Спустя шестнадцать лет с того памятного события  город подарил ребятне отдельное здание на улице  Бутлерова, а в 1991 году станция была реорганизована в Эколого–биологический центр.

 С  1985 года и  в течение двадцати лет  учреждение возглавляла  Альбина Ивановна Скугарова, заслуженный учитель Российской Федерации.

С 2005 года до 2024 года директор Центра была Загурдаева Татьяна Валентиновна, почетный работник общего образования Российской Федерации.

С 2024 года директор МБУ ДО "Эколого-биологический центр"

 Шибалова Светлана Анатольевна

Экологическое образование и воспитание – длительный процесс, охватывающий как дошкольников и школьников, так и взрослых, а конкретнее результаты его могут быть заметны только через несколько лет. Сегодня Эколого-биологический центр является системообразующим компонентом развития дополнительного экологического образования в городе, а также опорным образовательным учреждением, реализующим сетевое взаимодействие муниципальных учреждений, выполняет функции организационно-методического центра дополнительного экологического образования для образовательных учреждений всех видов и типов, организует их участие в экологических мероприятиях областного, регионального, российского уровня.